Родился в 1390-х годах в селе Одинцове близ Солигалича в Костромской земле, в семье служилого землевладельца по имени Феодор.. В 12 лет принял монашеский постриг в монастыре в селе Унорож близ Галича. Через несколько лет перешёл в Симонов монастырь (Москва).С 1431 года — епископ Рязанский и Муромский.
По смерти в 1431 году митрополита Фотия, де-факто возглавил Русскую Церковь: в 1432 году он именуется «нареченным в Святейшую митрополию Русскую». Однако междоусобная борьба за великокняжеский престол не позволили святителю выехать в Константинополь к патриарху Иосифу II для посвящения. Тем временем, осенью 1433 года литовский князь Свидригайло послал в Константинополь для посвящения в митрополита епископа Смоленского Герасима. Последний был возведён в Константинополе в сан митрополита всея Руси; но в 1435 году, заподозренный князем Свидригайло в измене, был умерщвлён. После кончины митрополита Герасима великий князь Василий (Темный) с согласия других князей и русского духовенства отправил Иону в Константинополь для поставления. Прибыл Иона в 1437 году. Однако в столице Византии выяснилось, что митрополитом уже был назначен болгарин Исидор, а Ионе московскую кафедру обещали отдать после его смерти.
С 1054 г. христианская Церковь перестала быть единой и содержала в себе две ветви — Восточную и Западную. В этот исторический период Западная Церковь во главе с Папой занимала достаточно прочное положение, а вот на Востоке все было иначе. Византийскую империю осаждали войска Османской империи. Турки захватили почти все византийские земли, так что империя едва выходила за пределы своей столицы — Константинополя. Положение Византии было катастрофическим, но неожиданно военную помощь предложил Папа римский. Правда, с условием, что восточные христиане заключат с западными союз — унию. Церковь вновь станет единой, во главе ее будет стоять Папа, а объединенные войска прогонят мусульман. Восточные и западные христиане решили созвать вселенский собор — принять решение возможно или нет объединение Церквей…Сначала собор проходил в Ферраре, потом переместился во Флоренцию. Самым непреклонным со стороны греков был митрополит Ефесский Марк. В конце концов все споры свелись к противостоянию Восточного епископа Марка и представителя Западной Церкви доминиканца Иоанна. Их долгие споры утомляли заседавших, так что Марку запретили появляться на заседаниях собора, а грекам поставили ультиматум: или они принимают учение латинян, или пусть возвращаются в осажденную Византию.
Существовал еще один довод за прекращение затянувшегося собора: расходы по содержанию его участников целиком взяла на себя Католическая Церковь, но долго так продолжаться не могло, и в один прекрасный день западные христиане заявили, что попросту перестанут выделять деньги на пропитание.
Наконец многие клирики со стороны греков подписались под договором унии. Категорически отказался от этого Марк Ефесский. Договор был составлен на греческом и латинском языках, однако к желаемому результату не привел. На первой же литургии греки отказались причащаться по обрядам латинян, а латиняне — по правилам греков. Мало того, после возвращения в Византию многие клирики объявили себя виновными в том, что подписали договор, и немало из них отказались от сана.
Собор был признан несостоявшимся. Военная помощь грекам предоставлена не была, и через несколько лет, в 1453 году, Византийская империя пала.
Описанные события имеют непосредственное отношение к истории Русской Церкви и к митрополиту Ионе. Со времен Крещения Русская Церковь была подчинена Греческой. Московский митрополит мог быть назначен только с ведома Византии, и, как правило, сначала на эту должность назначались греки. Постепенно на эту должность стали назначать и русских, но для поставления они все равно отправлялись в Константинополь.
Осведомленный о положении Византии, князь Василий Темный возлагал на Исидора большие надежды. Московский князь продолжал дело своих предков по укреплению власти и авторитета московских князей и собиранию земель вокруг Москвы. Православие играло важнейшую роль и в жизни народа, и в политике, и влияние греков в определенной мере ограничивало действия московского князя на международной арене. Неудивительно, что Василий хотел, чтобы Русская Церковь стала независимой.
Митрополит Исидор был участником флорентийского Собора и поддерживал идею унии. По пути в Италию он даже заходил не в православные храмы, а в католические костелы, демонстрируя расположение к римскому Папе. Окончательно симпатии Исидора стали понятны, когда после собора, в 1441 году, он вернулся в Москву. На литургии в Успенском соборе Московского Кремля он произнес имя Папы, а не Патриарха. А после он прочел грамоту, в которой говорилось, что митрополит Исидор ныне является кардиналом и легатом от ребра Апостольского для всех северных стран. А князь московский — всего лишь помощником митрополиту Исидору. Князь Василий назвал Исидора лжепастырем и еретиком и велел заточить в Чудов монастырь. Исидор бежал из Москвы, а князь Василий собрал духовенство для рассмотрения Флорентийской грамоты.
Постановления этого собора были признаны еретическими, в Москве говорили о том, что в Византии отступили от истинной веры по дьявольскому научению. Сам собой напрашивался вывод: разве могут отошедшие от истинного православия византийцы назначать московского митрополита?
Князь Василий написал Константинопольскому Патриарху письмо. Он дипломатично не стал говорить грекам о том, что у него возникли сомнения по поводу чистоты их веры, зато сделал акцент на том, что Византия расположена далеко от Москвы, ездить в Константинополь для поставления митрополиту неудобно, да и саму Византию раздирают войны и мятежи. Одним словом, разумнее всего разрешить назначение московского митрополита без ведома Константинополя. Ответа из Византии не пришло, а в 1448 году Иона стал митрополитом. Нашлись те, кто посчитал его поставление незаконным, но их князь Василий велел заточить. Заметим однако, что Патриарх Константинопольский Григорий Мелиссина благословил назначение Ионы.
С тех пор московские митрополиты ставились в Москве без участия патриарха, кандидатов же выбирал князь. Так Московская Церковь обрела независимость — стала автокефальной. И первым из назначенных на московскую кафедру митрополитов стал Иона.
Святитель Иона занимал митрополичью кафедру до 1464 года.
По преданию, он был чудотворцем: умел предсказывать будущее и исцелять. В его житии рассказывается такой случай.
У одного боярина болели зубы. Как-то после литургии митрополит Иона подозвал его к себе, дал просфору и сильно ударил боярина по щеке. «Ты выбил мне последние зубы!» — вскричал боярин и тотчас почувствовал, что зубная боль прошла. Радуясь о чуде, боярин прославлял Бога и благодарил Иону.
Когда в 1451 году татарские войска осадили Москву, митрополит со всем клиром бесстрашно ходил по стенам Кремля, молясь Богу о городе и его жителях. Во время одного из таких молебствий он обратился к старцу Антонию, иноку Чудова монастыря, чтобы он помолился об избавлении Москвы. Тогда Антоний предсказал, что татары уйдут, и только одного человека сразит стрела врагов — самого старца. Едва монах сказал это, как пущенная татарами стрела пронзила его. Митрополит Иона со служителями с честью похоронили старца, а вскоре в рядах татар произошло смятение, и они ушли. Чудеса совершались святителем и после его смерти. Когда в 1812 году французы вошли в Москву, они не тронули его серебряную раку и подсвечник при ней, потому что им явился митрополит Иона с поднятой, как бы грозящей рукой.
При митрополите Ионе были торжественно причислены к лику святых Русской церкви местночтимые святые митрополит Алексий, мощи которого были обретены нетленными при перестройке Чудова монастыря, начатой в 1431 году, и Сергий Радонежский.
Скончался митрополит Иона 31 марта 1461 года.27 мая 1472 года при перестройке Успенского собора совершилось обретение его нетленных мощей (хранятся в Успенском соборе Московского Кремля); Пахомием Сербом была написана ему церковная служба и установлено его местное почитание. В 1547 году при митрополите Макарии он был прославлен для общецерковного почитания.
В 1596 году патриарх Иов установил празднование святителю Ионе в Соборе других Московских святителей 5 октября.