Происходил из знатного литовского рода Гедиминовичей. Его отец, Иван Юрьевич, приходился двоюродным братом великому князю Ивану III. В 90-е XV в. князь Василий Патрикеев был очень влиятельной фигурой в высших московских кругах. Участвовал в войне с Литвой, был воеводой во время русско-шведской войны 1495—97, участвовал в Высшем государственном суде.
В династической борьбе конца XV в. отец и сын Патрикеевы принадлежали к боярской партии, стоявшей в вопросе о престолонаследии за внука Ивана III , Дмитрия , против Софии Палеолог и ее сына Василия. За это в 1499 оба попали в опалу и были пострижены в монахи. Василий Патрикеев под именем Вассиана оказался в Кирилло-Белозерском монастыре. Здесь он познакомился с Нилом Сорским, который и стал наставником нового инока. В монастыре, выполняя наставления своего учителя, Вассиан знакомится с богословской литературой, изучает Священное Писание.
Несмотря на влияние Нила Сорского, Вассиан не смог следовать до конца его заповеди отречения от мира и сосредоточении на внутреннем духовном самосовершенствовании. Смысл своей последующей деятельности он видел в необходимости преобразования церкви на принципах нестяжания. Ок. 1509 Вассиана возвратили в Москву, где он стал пользоваться расположением нового вел. кн. Василия III Ивановича. В 1512 произошло первое открытое столкновение Иосифа Волоцкого и Вассиана Патрикеева. Волоколамский игумен призвал вел. князя провести «обыск» новых еретиков в Нило-Сорском скиту. Тогда Вассиан написал «Слово ответное», в котором доказывал неканоничность призывов Иосифа к «казням» еретиков. Спор был решен государем — Василий III занял сторону Вассиана и запретил Иосифу письменную полемику с ним.
Влияние на вел. князя Вассиан Патрикеев сохранял до н. 30-х. Именно в этот период и сформировались 2 направления в отечественной религиозно-философской мысли, которые стали называться нестяжательством и иосифлянством. Полемика между сторонниками разных направлений проходила с переменным успехом, а предметом споров стали уже не только вопросы о еретиках, но и разнообразные стороны церковной жизни. И именно Вассиану Патрикееву принадлежит ведущая роль в том, что нестяжательство стало рассматриваться не как монашеское учение, а как средство решения церковных, социальных и даже политических проблем. Вопрос о том, что церковь не имеет права владеть селами и землей, поднимался Вассианом Патрикеевым как самый главный. Более того, в полемике с иосифлянами этот вопрос превратился в единственно главный, а все остальные проблемы отошли на второй план. Он высказывался в пользу того, чтобы в основном развивать малые монастыри и скиты, отказавшиеся от имущества, но получающие денежное содержание от государства и богатых землевладельцев.
Не без участия Вассиана был избран, по-видимому, на митрополию близкий Нилу и его последователям Варлаам. Около 1517 г. Вассиан, по соглашению с митрополитом Варлаамом, приступил к пересмотру «Кормчей», свода церковных постановлений и «градских» законов византийских императоров. В их работе, с 1518 г., принял участие прибывший с Афона Максим Грек . Вокруг него группируются оппозиционно-настроенные люди и среди них Вассиан. В 1523 г. на митрополию возводится Волоколамский игумен «иосифлянин» Даниил, и скоро затем начинается гонение на людей оппозиционного направления. Влияние Вассиана начинает слабеть, что, может быть, объясняется, помимо других причин, еще и неодобрением, высказанным Вассианом о разводе великого князя.
В 1531 г. Вассиан должен был предстать перед собором как подсудимый. Митрополит Даниил предъявил Вассиану ряд обвинений: самовольное исправление «Кормчей», внесение в нее мыслей «эллинских мудрецов», произвольное устранение из «Кормчей» текстов, говорящих в пользу права монастырей владеть вотчинами, хулу на чудотворцев, в частности непризнание таковыми святого Макария Калязинского и митрополита Ионы «еретические строки» в переводе Метафрастова жития Богоматери, не признание у Христа двойственной природы. Вассиан защищался очень энергично и язвительно, но собор признал его виновным и заточил во враждебный ему Иосиф-Волоколамский монастырь. Год смерти Вассиана не известен. Он умер, во всяком случае, до 1545 г., если верить сомнительному показанию Курбского, — насильственной смертью. Вассиан Патрикеев является автором нескольких сочинений.