Во все время своего правления был полным единомышленником великого князя Ивана Калиты и его сына Симеона Гордого. Получив посвящение в Константинополе в 1328 году от патриарха Исайи, Феогност поселился в Москве. Принявший на себя управление русской митрополией, святитель много сил приложил к устроению церковной жизни, особенно, юго- и северо-западной Руси. Митрополит Феогност употреблял все меры, чтобы, с одной стороны, содействовать московскому князю, а с другой, — чтобы в других русских епархиях, находящихся теперь в Литовском и Польском княжествах, сохранить единство веры.
В 1329 году митрополит Феогност силой церковной анафемы вынужден был смирить псковичей, укрывавших опального тверского князя Александра Михайловича, навлекшего на себя гнев хана Узбека. Псков усиливал недовольство в Орде, что вынудило святителя пойти на крайнюю меру и закрыть в городе все церкви. Князь Александр уехал в Литву, и только этим было предотвращено новое нашествие татар на Русь.
После этого, было прислано к Ивану Калите посольство во главе с псковским посадником Селогой. Иван Калита утвердил мир с ними, а Феогност благословил. Через полтора года князь Александр воротился и стал княжить в Пскове. Старое стремление Пскова получить церковную самостоятельность усилилось: псковичи выбрали себе в епископы некоего Арсения и послали его для посвящения к митрополиту, но Феогност отказал им в этом. Когда же (в октябре 1339 г.) князь Александр был замучен в Золотой орде вместе с сыном Феодором, митрополит встретил их тела во Владимире, отпел и отправил в Тверь.
Подобно своим предшественникам, Феогност предпринимал путешествия по своей митрополии. В Орду Феогност ездил два раза.
Во вторую поездку в 1342 году ему пришлось ездить в Орду, отстаивая права и льготы, которыми прежде пользовалось русское духовенство и которые хотел было уничтожить хан Джанибек. Кто-то сказал хану Джанибеку, что митрополит собирает большие доходы с духовенства и что у него много денег. Хан потребовал у него платежа со всего духовенства. Раздав татарам все свои личные сбережения, митрополит отказался собирать дань с церковников, ссылаясь на слова апостола Павла: «Если кто разорит храм Божий, того покарает Бог, ибо храм Божий свят, а этот храм – вы» (1 Кор. 3, 17).
Даже подвергнутый истязаниям митрополит не уступил ордынцам и настоял на том, чтобы хан утвердил за церковью все прежние льготы новым ярлыком. Кроме ханского ярлыка, Феогност вывез из Орды еще ярлык от ханши Тайдулы, данный ему в знак ее покровительства.
По возвращении святителя в Москву, страшный пожар (четвертый в его правление) опустошил Москву, и митрополит, оставшийся практически без средств, в следующем же году начал восстанавливать церкви.
При Феогносте митрополит Пётр был причислен к лику святых.
Феогносту удалось закрыть открытые было митрополии литовскую и галицкую, но последняя в 1337 — 38 гг. вновь была открыта и существовала до 1347 года.
В 1346 г. Феогност ставил епископа в Ростов. В 1348 — 49 гг. снова ездил в Галицкую землю. После этого был в Костроме и держал там собор, о котором известно только то, что на нем был разрешен спор между рязанским и сарайским епископами о границах их епархий.
В 1351 г. он благословил на суздальскую кафедру епископа Даниила, бывшего под запрещением «за некую вину». В начале декабря 1352 г. ставит своего наместника Алексия во епископа владимирского.
В 1352 году, когда некий инок Феодорит прибыл в Константинополь, желая занять кафедру Русской митрополии и уверяя, что митрополит Феогност скончался. Добившись желаемого в Тырнове от патриарха Болгарского, новоявленный русский митрополит поселился в Киеве, но был вскоре осужден цареградским патриархом и другими иерархами. Именно последнее обстоятельство вынудило митрополита Феогноста и великого князя Симеона поспешно отправить своих послов к патриарху и греческому императору с просьбой о поставлении, в случае его смерти, в русские митрополиты не грека, а того лица из русских, которое будет прислано от великого князя.
В 1353 г., перед самой смертью его, в Москве состоялось какое-то совещание великого князя с князем суздальским «про причет церковный».
Благословением митрополита Феогноста был освящен подвиг преподобного Сергия Радонежского. Незадолго до смерти святителя юный отшельник Варфоломей обратился к нему с просьбой устроить в Радонежских лесах церковь во имя Пресвятой Троицы.
Скончался святитель 11 марта 1353 года от моровой язвы, жертвой которой стали также великий князь Симеон Гордый и его малолетние сыновья.
Погребён в Успенском соборе рядом с митрополитом Петром. В 1471 году мощи святителя были обретены нетленными. В 1475 г. гроб митрополита Феогноста был вынесен из Успенского собора, на время перестройки последнего, в церковь св. Иоанна под колоколами и возвращен на прежнее место 27 августа 1479 г. По сообщению летописи, в 1474 г. при гробе Феогност получил исцеление некий человек; в XIX веке состоялась церковная канонизация.
Греческий историк Никофор Григора сообщает, что митрополит Феогност, получив определение константинопольского собора 1341 г. с изложением учения о несотворенности Фаворского света, не согласился с этим учением и написал по поводу его многие пространные укоризны и обличения, которые доставил патриарху и епископам. В настоящее время известно только одно сочинение — поучение на русском языке «к духовным чадом… о божественных писании, о смеренолюбьи, яко не подобает играти и смеятися бещанно… и якоже недостойнии приходять к божественным таинам, в муку себе в нетерпеливую в вергуть, и како подобает чтити честнаго и животворящаго креста».
В древнее время главное украшениегородов составляли храмы, поэтому Москва стала застраиваться каменными церквами. Продолжая постройку заложенного еще при митр. Петре Успенского храма, Феогност в 1329 г. построил две каменные церкви— ап. Петра и Иоанна Лественика; в 1330 г. князем заложена была каменная церковь Спаса на Бору; в 1333г. им же построена каменная церковь Архангела Михаила. Той же цели возвышения Москвы — и одновременно митрополичьей кафедры — служило и прославление митрополита Петра, первого митрополита,жившего и погребенного в ней.