Несмотря на это, уже в ранних работах Аннибале в полной мере проявилась самобытность его техники. Особенности работы с цветом вызвали поток критики со стороны приверженцев классической старой школы. Но юного художника нападки не остановили, и в дальнейшем его стиль продолжал развиваться. Уже в 1582 году братья Карраччи заслужили похвалу своему мастерству – заказ на роспись дворца Фава в Болонье. Исследователи сходятся во мнении, что эта работа является образцом удивительного стилевого единства. Роспись трех залов, представлявшая сцены из античной мифологии, заняла у братьев около двух лет. Результат нового труда Карраччи вызвал уже не критику, а зависть менее удачливых коллег.
Аннибале стремился перенять лучшее у мастеров живописи, поэтому вместе с Агостино в 1585 году отправился в Парму. Неизгладимое впечатление на молодого художника произвели произведения Корреджо. В последующие годы он уже в одиночку охотно путешествовал по стране. Долгое время Карраччи провел на севере Италии. Там он открыл для себя Тициана и нашел новое вдохновение. После Венеции окрыленный Аннибале отправился в Рим, где смог прикоснуться к творчеству Рафаэля и Микеланджело. Однако путешествие по Европе имело для него не только положительный эффект. Вернувшись на короткое время домой после посещения Пармы, Карраччи пострадал от критики за якобы неумелое подражание технике Корреджо. Этот эпизод, вероятно, отразился на его дальнейших творческих исканиях.
Позднее в 1585 году оставшийся в Болонье кузен Лодовико основал Академию живописи. Изначально она была названа Desiderosi – «Академия желающих». Анибале и Агостино согласились преподавать в ней. Дабы подчеркнуть своё желание достичь совершенства в искусстве, братья устраивали конкурсы, призванные определить достойнейших. Впоследствии учебное заведение сменило название на «Академию вступивших на правильный путь». Несмотря на претенциозность этого заявления, среди учеников и выпускников не нашлось тех, кого мир готов был признать величайшим гением.
Постепенно талант и мастерство Аннибале несколько оттенили успехи брата и кузена. Поэтому чрезвычайно щедрое предложение, сделанное в 1595 году, досталось именно ему: Карраччи отправился в Рим, чтобы трудиться при дворе кардинала над его рабочим кабинетом во дворце Фарнезе, а позднее - и в главной галерее.
В этот период творческая самобытность Аннибале снова явила себя, обогатившись опытом великих мастеров прошлого. Его фрески вобрали в себя все лучшее из того, что восхищало художника. Главную галерею Фарнезе украсили не только сюжеты из «Метаморфоз» Овидия, но и необычные элементы, напоминающие творения Микеланджело. Обрамление фресок было призвано создавать впечатление лепных элементов и объемных фигур атлантов, держащих массивные детали. Стремление к совершенству не оставляло Аннибале все эти годы.
Среди работ художника можно встретить не только фрески и масштабные росписи. Еще в юности Аннибале проявлял недюжинный талант в рисовании гравюр, темами для которых становились многочисленные античные и библейские сюжеты, а также монументальная «Пьета Фарнезе» (пьета - иконография сцены Оплакивания Христа девой Марией с изображением Богоматери с мёртвым Христом, лежащим у неё на коленях). Выполнял Карраччи и мелкие заказы аристократов, а в свободное время пробовал себя в написании пейзажей.
Судьбой ему был отмерен не долгий срок. После нескольких лет изнурительной болезни, лишившей художника возможности писать, в 1609 году Аннибале Карраччи скончался. Уже после его смерти ученики по оставшимся эскизам и наброскам завершили роспись капеллы Эррера де Сан Джакомо дельи Спаньоли.
Согласно своему последнему желанию, Аннибале был похоронен в Пантеоне рядом с могилой Рафаэля.