В деле борьбы с эпидемиями советской власти досталось тяжелое наследство. Российская империя занимала одно из ведущих позиций в мире по распространенности инфекционных болезней. Например, в 1912 было зарегистрировано около 13 млн. инфекционных больных - целых 7% всего населения.
Несмотря на то, что в десятках российских городов дореволюционной России были созданы санитарные организации, единой санитарно-эпидемиологической службы в стране не существовало. Ситуацию значительно ухудшили Первая мировая и Гражданская война.
С самого момента прихода к власти большевики остро ощутили проблему: в стране бушевала «испанка», не говоря уже о традиционных холере и тифе. Испытывая серьезные экономические трудности, власти тем не менее отправляли большие средства на санитарное благоустройство населенных пунктов, привлечение населения к санитарно-оздоровительным мероприятиям, совершенно чуждым ему до сих пор.
С принятием декрета «О санитарных органах Республики» 15 сентября 1922 года в стране вводилась единая организация санитарного дела, стали создаваться санитарно-эпидемиологические станции. В них были представлены все элементы противоинфекционной борьбы, включая лаборатории. Именно эта дата считается днем рождения санитарно-эпидемиологической службы России.
Понимая, что легче предупредить эпидемию, чем бороться с ее последствиями, власти ввели повсеместный предупредительный санитарный надзор, в том числе за предприятиями пищевой промышленности, общественного питания и торговли пищевыми продуктами. Уже в конце 1920-х гг. отмечалось значительное снижение смертности, в том числе и детской, а также заболеваемости рядом инфекционных заболеваний.
Вместе с этим в Советском Союзе уделялось большое внимание подготовке будущих эпидемиологов, микробиологов и инфекционистов. В начале 1930-х гг. в медицинских институтах открылись первые санитарно-гигиенические факультеты.
Вторая мировая война привела к миграции обширных масс населения и опустошению огромных территорий, а следовательно и к серьезному ухудшению эпидемической обстановки в СССР. В стране активно распространялись дизентерия, малярия, сыпной тиф и вирусный гепатит. Для исправления ситуации в срочном порядке были созданы санитарно-эпидемиологические отряды, инфекционные госпитали и обмывочно-дезинфекционные роты, действовавшие как в частях Красной Армии, так и на освобожденных территориях. Немалую роль в решении проблемы сыграло и налаженное обучение солдат правилам соблюдения личной гигиены.
В послевоенное время вместе с развитием промышленности, развивалась и санитарно-эпидемиологическая служба. Так, в ее составе появилось новое направление - радиационная гигиена, занимающаяся контролем и снижением доз ионизирующего излучения, получаемого персоналом предприятий и населением.
В начале 1970-х гг. санитарно-эпидемиологическая служба СССР получает широкие полномочия в сфере охраны внешней среды от загрязнений и борьбы с инфекционными заболеваниями. Ни одно промышленное предприятие в стране не могло быть запущено в эксплуатацию без наличия очистных сооружений, ни один населенный пункт не мог быть заложен без соблюдения санитарных норм и правил. Предписания санитарного врача становились обязательными для беспрекословного выполнения всеми государственными и общественными учреждениями, а также простыми гражданами.
Более того, предприятия, организации, ведомства и даже министерства становятся лично ответственными за соблюдение необходимых санитарно-гигиенических норм и правил, нарушение которых влекло дисциплинарную, административную, а иногда и уголовную ответственность.
За 20 лет с 1950-х по 1970 год заболеваемость брюшным тифом в СССР снизилась почти в 4 раза, коклюшем — в 8 раз, дифтерией — более чем в 70 раз. Были разработаны и внедрены в практику здравоохранения вакцины против кори, эпидемического паротита, полиомиелита, гриппа. В стране была создана эффективная система вакцинопрофилактики.
Немалая заслуга Советского Союза в том, что в 1980 году одна из самых страшных болезней человечества, оспа, была окончательно побеждена. Еще в 1958 году он передал ВОЗ для использования в противооспенной программе 25 млн. доз противооспенной вакцины, а также снабжал вакциной Индию, Ирак, Иран, Афганистан и Бирму. Количество предоставленной Советским Союзом противооспенной вакцины превосходило то, что передали в дар ВОЗ все остальные страны вместе взятые.