Его отец – словолитный мастер Иоганн Венцель Габлиц – в 1758 году был приглашен в Московский университет из Кёнигсберга, и в Россию он переместился со всей семьей. Еврейские корни, конечно, в официальных документах нигде не фигурировали – на фоне воинствующе-ортодоксальной церковной политики правившей тогда Елизаветы Петровны род Габлицев причислили к «прусской нации».
Возглавив типографию Московского университета, Иоганн Венцель определил своих детей в действовавшую при университете гимназию. Старший сын Карл быстро освоил русский язык и, показав высокие результаты почти по всем дисциплинам, в 1768 году был зачислен в университет в числе лучших выпускников. В своих мемуарах Габлиц писал, что сам он испытывал «великую наклонность к путешествиям», но по настоянию отца начал слушать лекции на медицинском факультете, отчего «скучал школьною жизнью в университете». Возможно, Габлиц стал бы и не менее известным врачевателем того времени, если бы не судьбоносная встреча с немецким путешественником и натуралистом Самуилом Готлибом Гмелиным, числившимся тогда академиком Императорской Академии.
Заметив, как восторженно Карл слушает его рассказы о путешествиях, Гмелин убедил Габлица-старшего отпустить сына в одну из ближайших экспедиций. В марте 1769 года, после одобрения кандидатуры Карла академией, «на семнадцатом году от роду» – как следует из его автобиографии, Габлиц «оставил впервые родительский дом и отправился в путь до Воронежа, где Гмелин зимовал». «По прибытии моем туда он принял меня весьма ласково и вскоре полюбил меня так, что до самой кончины своей оставался мне другом», – вспоминал Карл в рукописях.
В последующие пять лет исследователи прошли путь через низовье Волги на побережье Каспия, посетили Черкасск и Астрахань, морем отправились в Дербент, а затем – в Баку, Шемаху и Сальяны. Потом вновь морем добрались в иранский Энзели, вернулись в Астрахань в 1772-м и продолжили исследовать Куманскую степь и Терек.
Габлиц помогал Гмелину собирать растения и составлять их точные описания. Вот как он описывал это в своем дневнике: «В первый же год путешествия приобрел особую наклонность к естественной истории, а особливо к ботанике, в коей упражняться более имел случая и которою Гмелин преимущественно занимался. С раннего утра я каждый день до обеда был в разъездах, а после обеда до глубокой ночи занимался рассматриванием и описанием растений, зверей, птиц, насекомых и пресмыкающихся, мною собранных; и через то приобрел основательные познания во всех частях натуральной истории, которая потом, даже до самой старости моей, служила мне немалым утешением».
К 1772 году профессионализм Габлица как самостоятельного исследователя был очевиден его учителю – оставив Карла вместе с собранными за эти годы материалами в Астрахани, Гмелин отправился вновь в Энзели уже в одиночку. На обратном пути он был ограблен и взят в заложники кайтагскими уцмиями – жителями одного из самых влиятельных феодальных владений Дагестана того времени. В плену в 1774 году Cамуил Готлиб Гмелин и умер.
Габлиц же, собрав все свои бумаги, в 1775-м отправился в Петербург и представил собранную ботаническую и зоологическую коллекцию на заседании Академии наук. Доклад молодого натуралиста был настолько успешен, что все его заметки были тут же опубликованы, а сам он произведен в члены-корреспонденты и назначен помощником директора в Астраханскую садовую контору, ведавшую казенными садами Астрахани. Утвержденная еще Петром Первым, контора владела виноградными плантациями, винокуренными заводами, винными погребами, оранжереями и парниками для заморских деревьев, экзотических фруктов и растений. Понятное дело, что урожаи прямиком шли к императорскому двору. На этой должности Карл Габлиц пробыл до 1781 года, «беспрестанно упражняясь в опытах над улучшением виноделия, садоводства, шелководства и над разведением разных полезных иностранных растений».
А затем по указанию генерал-губернатора Новороссии Григория Потемкина, озадаченного императрицей Екатериной II поиском оптимального места для торговли с Востоком, Габлиц был прикомандирован к морской экспедиции по «приращению познаний о Каспийском море». Впрочем, экспедиция, руководил которой капитан II ранга граф Марк Войнович, закончилась весьма бесславно. Но могло быть и хуже: агрессивное поведение графа на землях хана Ашхабадской провинции привело к тому, что все руководство экспедиции было взято в плен. Так что приказ убираться восвояси можно было вполне воспринимать как милость. И тем не менее, если для Войновича это был крах, то Габлиц вновь восхитил академию своим отчетом о плавании с подробным описанием растительного и животного мира Каспия. Отчет он снабдил подробной картой. Так как это было единственным положительным итогом экспедиции, труд прочла и Екатерина II – и сразу пожаловала Габлица в надворные советники.
Через год, в 1783-м, вскоре после опубликования манифеста Екатерины II «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу», Потемкин поручил Габлицу провести топографические съемки территории Крыма и составить его естественнонаучное описание. Уже к концу 1784-го, объехав Крымские горы, степную часть полуострова и Тамань, Габлиц отправил Потемкину свой труд «Физическое описание Таврической области по ее местоположению и по всем царствам природы», тут же опубликованный за казенный счет.
Труд Карла Габлица стал первым биологическим, ботаническим и геологическим исследованием, позволившим узнать не только о флоре и фауне, но и о минеральных богатствах полуострова. Самого Габлица с тех пор называли не иначе как «открывателем земли Крымской». Екатерина II повелела ему составить и историческое описание полуострова, которое в 1787 году он представил ей лично во время путешествия императрицы по южной России и посещения ею Крыма.
На время оставить науку Карла Габлица заставила лишь очередная война России с Османской империей, претендующей на возврат полуострова. Габлиц, назначенный в 1788 году вице-губернатором Таврической области, полностью сосредоточился на вопросах обороны и снабжения армии. Он находился в постоянном контакте и переписке со многими прославленными военачальниками: Александром Суворовым, Федором Ушаковым и Михаилом Кутузовым. Вице-губернатором полуострова Карл Габлиц оставался вплоть до 1796 года, несколько раз временно принимая на себя и обязанности правителя Тавриды.
Благодаря его стараниям за эти годы в два раза – до 1,5 тысячи человек – увеличилось население Симферополя, появились первые винокуренные и кирпичные заводы, первые средние учебные заведения и аптеки, повсеместно разбивались сады и виноградники, развивался соляной промысел. За все это Карл Габлиц не раз удостаивался всевозможных наград, а в 1796-м был избран в действительные члены Академии наук.
Планы Габлица по обустройству Крыма были далеко идущими, но после восшествия на престол Павла I Габлиц был уволен с должности вице-губернатора. Противник преобразований и проектов своей матери, новый император упразднил Таврическую область, переименовал Севастополь в Ахтияр, а Феодосию – в Кафу. Габлица отозвали из Крыма. Казалось, это опала и закат карьеры, но как показало время, взлет служебной карьеры Карла Габлица только начинался.
В 1797 году Габлица произвели в действительные статские советники и назначили первым товарищем министра Департамента уделов, а в 1800 году произвели в чин тайного советника. Взошедший на престол император Александр I привлек Габлица к работе Комитета по устройству Новороссийских губерний. Затем Карла назначили президентом Мануфактур-коллегии, а в 1803 году – главным директором государственных лесов. По его инициативе сначала в Царском селе, а затем и в других городах открыли первые высшие учебные заведения по лесоводству: они стали первыми не только в России, но и в Европе. Управляя имперскими лесами вплоть до 1809 года, Габлиц втрое увеличил лесные доходы страны.
Лишь пошатнувшееся здоровье, заставившее Карла даже взяться за автобиографию потомкам, привело к его добровольной отставке. Однако опыт тайного советника Габлица еще не раз использовался в широком спектре государственных дел. Последняя из его должностей вновь была связана с Крымом – в 1819 году он стал председателем Комитета по рассмотрению жалоб, принесенных императору, касательно Таврической губернии. На этой должности он оставался до последних дней своей жизни, которая завершилась 9 октября 1821 года.