Очень быстро беспорядки переросли в чудовищные погромы (жестокостью отличалось как местное население, так и правительственные войска). Через несколько месяцев восстание подавили – тысячи мусульман бежали в Китай. Военными разрабатывался план по выселению оставшихся туземцев в труднодоступные горные районы, однако его осуществлению помешала революция. Доклад Керенского о событиях в Туркестане стал одним из последних в царской Думе.
Население Кавказа и Средней Азии традиционно не призывалось в армию Российской империи. Во время Первой мировой от призыва были освобождены около 7 млн человек. Николай II нарушил привычный порядок из-за того, что затянувшаяся война потребовала от страны напряжения всех ее ресурсов. В июне 1916 года было подписано Высочайшее повеление, согласное которому мужское инородческое население в возрасте 19 — 43 лет призывалось на тыловые работы по обустройству оборонительных сооружений. Хотя собственно воевать с оружием в руках мусульман не заставляли, даже трудовая мобилизация вызвала массовое недовольство. Ситуацию усугублял тот факт, что мужчин забирали летом, в разгар сельскохозяйственных работ. Всего планировалось мобилизовать около полумиллиона человек (получилось лишь 100 тысяч).
Сначала протест местного населения носил пассивный характер, но довольно быстро начались масштабные беспорядки. В Средней Азии было мало русских войск, а администрация не могла бороться с вооруженным сопротивлением. В июле Туркестанский военный округ перевели на военное положение. В регион начали стягивать войска из соседних областей. Киргизы и казахи нападали на представителей администрации, уничтожали телеграфное сообщение. Были и случаи атак на русское гражданское население, которое грабили и лишали скота.
Восстание возглавил переводчик, составивший казахско-русский словарь
Несмотря на массовость выступления, организовано оно было плохо, а вооружались туземцы как попало. Самой примечательной фигурой среди лидеров восстания являлся Токаш Бокин. Накануне Первой мировой войны этот переводчик издал казахско-русский словарь. Бокина арестовали в августе 1916-го. Он оставался в заключении, пока его не амнистировали после революции. Бокин присоединился к большевикам и вернулся в Семиречье устанавливать там советскую власть, где и погиб в 1918 году.
Одной из движущих сил восстания была религия. Некоторые киргизы считали нападения на русских не борьбой за свои права, а священной войной против неверных. Атакам подверглись монастыри и церкви Туркестанской епархии. Русские жители Туркестана старались больше не покидать больших городов. Ими формировались дружины самообороны. Там, где мусульмане составляли меньшинство, устраивались погромы. Доставалось и немцам, служившим в местной администрации. Обыватели обвиняли их в попустительстве беспорядкам (эти настроения подогревала война с Германией).
Тысячи киргизов бежали в КитайОтветственным за подавление беспорядков назначили генерала Алексея Куропаткина. В своих записках он признавал, что жестокость была присуща не только туземцам, но и царским войскам: «Уже при усмирении беспорядков в Джизакском уезде были справедливые жалобы на войска за излишнее разорение туземных жилищ, грабеж, лишние убийства». По ходатайству генерала в Среднюю Азию прислали подкрепление — в основном оно состояло из казачьей кавалерии, значение которой в новой войне заметно снизилось. Перестановки были сделаны так, чтобы не навредить положению дел на фронте.
К августу 1916 года ситуация в Семиречье изменилась в пользу правительственных войск. Все больше киргизов бежало в Китай. Некоторые из них уводили с собой русских невольников. По разным данным, за 1916 год в Китай откочевало 50 — 100 тысяч человек. Когда осенью основные очаги восстания были подавлены, Куропаткин принял решение выселить туземцев из Пржевальского и Пишпекского уездов, где сильнее всего пострадало русское население. В наказание военные планировали выселить инородцев в трудные для скотоводства и земледелия горные области. Этот проект так и не был осуществлен — грянула революция.