За год болезнь выкосила 20% населения Лондона. С 300 человек в неделю всего за пару месяцев смертность возросла до 1000 и более. Болезнь с невероятной скоростью охватила столицу и пригороды, люди бежали из Лондона, трупы вывозили телегами за город и хоронили в общих могилах. Сохранившиеся записи в дневниках тех лет хранят поистине ужасающие картины смерти, царившей на улицах Лондона.
В Англию чума могла прийти из Голландии, где вспышки болезни возникали с 1599 года. Голландские торговцы завезли ее на своих судах, которые доставляли хлопок из Амстердама. Всего за год до начала «великой чумы» там вымерло от болезни около 50 000 человек. Ндо признать, что Лондон был вполне подходящим городом для такого быстрого распространения болезни. В городе царила антисанитария, все отходы, мусор и помои выливались и вываливались прямо на извилистые улочки города. Часть мусора вывозили за город и оставляли там гнить. В столице и окрестностях стояла невыносимая вонь. Ситуацию ухудшали и многочисленные фабрики и заводы, а также тысячи домов, которые топили углем, дым от них грозил горожанам удушьем. Город кишел бедняками и нищими, которые ютились в трущобах.
Первыми от чумы пострадали портовые пригороды Лондона. Еще в 1664 году там было зафиксировано 2 странные смерти, однако их не опознали как чумные. Но за первые четыре месяца 1665 года смертность в городе заметно возросла. Официально первым случаем смерти от болезни считается гибель 12 апреля 1665 года некой Ребекки Эндрюс. Холода сдерживали распространение заразы, но с приходом теплой погоды она стала расползаться по Лондону все быстрее. В конце апреля служащий Адмиралтейства Самюэль Пипс написал в дневнике: «Большие опасения по поводу болезни, говорят, уже 2 или 3 дома в Сити умерли. Господи, помилуй нас всех!»
Пытаясь спастись от надвигающегося бедствия, горожане были готовы на все. Никто не знал, чем была вызвана болезнь, только позднее выянилось, что переносчиком чумной палочки были крысиные блохи. В качестве причин предлагались: пары от земли, необычная погода, болезни у скота, увеличение числа мух, моли, лягушек и мышей. Люди верили всем, кто обещал им избавление. «.Не менее невежественные и тупые в своих размышлениях, чем ранее безрассудные и озверело-озлобленные, они [обыватели] под влиянием страха шли на любые безумства и, как уже говорилось выше, бегали по колдунам, ведьмам и прочим обманщикам, чтобы узнать свою судьбу (а те еще подогревали их страхи и держали их в состоянии постоянной тревоги и ожидания, чтобы и дальше морочить им голову и набивать себе карманы), они как одержимые устремлялись за каждым знахарем и шарлатаном, за каждой практикующей старушкой в поисках лекарств и снадобий; они пичкали себя таким количеством пилюль, микстур и предохраняющих средств, как их называли, что не только швыряли деньги на ветер, но и заблаговременно из страха заразы отравляли себя, ослабляя свой организм перед началом чумы, вместо того чтобы укреплять его» (Дневник чумного города).
К июлю 1665 года чума пришла с окраин в город. Первым из Лондона выехал король Карл II вместе со своей семьей и свитой. Но лорд-мэр столицы и многие другие вельможи предпочли остаться в городе. Для того, чтобы иметь возможность продолжать выполнять свои обязанности и не соприкасаться с зараженными, сэр Джон Лоуренс даже приказал построить специальную витрину из стекла. Для выезда из города необходимо было получить специальную справку, которую поначалу раздавали весьма легкомысленно, да горожане не спешили покидать свои дома, опасаясь неопределенного будущего за пределами Сити. Но вскоре из Лондона уехало большинство богатых купцов, торговая жизнь приостановилась. Беднота встревожилась распространением заразы, некоторые покинули город. Спустя время в окрестных деревнях не осталось места для размещения беженцев, люди были вынуждены бродяжничать и жить собранным с полей или украденным.
Чума овладевала городом. В последнюю неделю июля было зафиксировано более 3 тысяч смертей, 2020 из которых произошло от чумы. Когда в доме умирал человек, звонил колокол и приходил «искатель смерти», который осматривал труп и определял причину смерти. Если человек умирал от чумы, то весь дом жертвы закрывали на 40-дневный карантин, члены семьи запирались в доме, на двери его ставили красный крест и писали «Господи, помилуй нас». Дверь дома охраняли караульные, нередки были попытки сбежать из-под карантина. Люди часто просили писать другую причину смерти, только бы их не запирали дома.
Число жертв эпидемии неустанно росло. Власти призывали горожан не скрывать мертвецов, чтобы не способствовать распространению болезни. По улицам на телегах ездили специально нанятые люди и кричали: «Выносите ваших мертвых». Вывоз трупов и захоронение тел стали производить ночью из-за опасений власти, что увеличение числа жертв может спровоцировать панику в городе. «Невозможно описать крики и шум, какие поднимала эта беднота, когда выносили трупы детей и друзей их к телегам; а покойников было столько, что можно было подумать, будто в переулке уже никого не осталось или что его обитателей хватило бы, чтобы заселить небольшой городок». Скоро тележек стало не хватать, и трупы складывали около домов. В одном из приходов власти вырыли яму 15 на 6 метров и стали складывать туда уже разлагающиеся трупы. Рабочие рыли эту братскую могилу в то время, как трупы складывались в уже прокопанную часть. Всего в этой ямы было захоронено 1114 человек.
По воспоминаниям, за каждым углом горожан ожидала ужасающая картина смерти: «в телеге было шестнадцать-семнадцать трупов; одни — закутанные в полотняные простыни, другие — в лохмотья, некоторые были почти что голые или так небрежно укутаны, что покровы слетели, когда их бросали с телеги, и теперь они лежали в яме совершенно нагими; но дело было не столько в них как таковых или в непристойности их вида, а в том, что столько мертвецов свалено вместе в братскую могилу, если можно так выразиться, где без разбору богачи и бедняки лежали рядом; другого способа хоронить не было — да и не могло быть, так как невозможно было заготовить гробы для стольких людей, сраженных внезапной напастью».
Власти предпринимали попытки борьбы с чумой. Так как причина болезни была неизвестна, предполагалось, что ее переносили животные. Лондонская Корпорация приказала убивать кошек и собак, однако это только ухудшило положение, поскольку они помогали контролировать численность крыс, которые и разносили заразу. Кроме того, днем и ночью в городе зажигали огни в надежде очистить воздух, также жгли различные вещества и травы, имеющие сильный запах: перец, хмель, ладан. Горожан заставляли курить табак.
Смертность в Лондоне росла с угрожающими темпами. С 300 человек в неделю она быстро дошла до 1000, затем до 2000, а к сентябрю 1665 года достигла 7000 человек в неделю. К концу осени, видимо, из-за наступивших холодов, смертность стала снижаться, и в феврале 1666 года король вернулся в столицу. Постепенно люди стали возвращаться в Лондон.
Несмотря на то, что эпицентром бедствия стала столица, чума распространилась и на другие регионы. Так, известен случай заражения в деревне Им, жители которой, чтобы остановить заразу, добровольно согласились на карантин. В результате умерло 75% населения, однако распространение болезни в ближайших районах замедлилось.
Великая эпидемия стала последней крупной вспышкой чумы в Великобритании. Из 460 тысяч жителей Лондона в результате бедствия погибло около 100 тысяч. Постепенно город вернулся к жизни, в конце марта 1666 года лорд-канцлер написал: «…улицы полны народа, Биржа переполнена, люди столь многочисленны, как можно было когда-либо видеть…». Очаговые случаи заболевания продолжались до сентября, но темп их значительно замедлился. Конец эпидемии, как это ни странно, положило другое масштабное бедствие — Великий пожар. Он уничтожил дома в большинстве густонаселенных районов, а вместе с ними и крыс, переносивших инфицированных блох. Вскоре вспышки чумы прекратились.