Его правление характеризуется усилением центральной власти и шагами на пути к установлению абсолютной монархии. Было юридически оформлено крепостное право ( Соборное уложение 1649 г.). Специализация производства, частновладельческие мануфактуры (30), ярмарки, привлечение на службу иностранцев (Немецкая слобода) способствовали установлению экономических связей между отдельными частями страны и началу складывания всероссийского рынка. Социально-политическая обстановка в правление Алексея Михайловича была нестабильной.
Реформа патриарха Никона привела к церковному расколу, а конфликт царя и патриарха привел к первым мерам по подчинению церкви государству. Во внешней политике при нем с Россией была воссоединена Левобережная Украина на правах автономии, возвращены Смоленская и другие западные земли. На востоке русские землепроходцы достигли Тихого океана, и река Амур стала границей с Китаем.
Созданный царем Алексеем Михайловичем Приказ тайных дел (1654—76) подчинялся непосредственно ему и осуществлял контроль над государственным управлением.
Алексей Михайлович сам читал челобитные и др. документы, писал или редактировал многие важные указы и первым из русских царей стал собственноручно подписывать их, непосредственно участвовал во многих военных походах (под Смоленск, Вильно, Ригу), руководил внешнеполитическими переговорами со шведами, поляками и др., усилил контроль за деятельностью русских послов.
В годы его царствования произошел ряд городских восстаний: в 1648 — в Москве, Томске, Соли Вычегодской, Устюге Великом и др., в 1650 — в Пскове и Новгороде. крестьянская война под предводительством Разина (1670— 1671), Соловецкое восстание 1668—1676 гг. и др.
Созванный в этой обстановке Земский собор принял в 1649 новое «уложение», удовлетворившее основные требования дворян (о бессрочном сыске беглых крестьян и др.) и верхушки посада.(ликвидация беломестных слобод и др.
В экономической области правительство Алексея Михайловича поощряло промышленную деятельность, поддерживало отечественное купечество, защищая его от конкуренции иностранных купцов. Были приняты Таможенный (1653) и Новоторговый (1667) уставы, способствовавшие развитию внутренней и внешней торговли, ликвидации беломестных слобод.
В дальнейшем при нем произошли Московское восстание 1662, Крестьянская война под предводительством Степана Разина 1670—71 гг.
При нём прекратилась деятельность Земских соборов, уменьшилась роль Боярской думы и пр. В правление Алексея Михайловича началось введение в армии «полков нового строя».
Алексей Михайлович вёл активную внешнюю политику. Наиболее крупным успехом было воссоединение Украины с Россией (1654) и возвращение части исконных русских земель — Смоленска, Северской земли с Черниговом и Стародубом и др. Роль России в международных делах в этот период заметно возросла.
Был дважды женат. От первого брака — с Марией Ильиничной Милославской — родились Федор и Иван (будущие цари) и Софья (будущая правительница), от второго брака — с Натальей Кирилловной Нарышкиной — будущий царь Петр I.
Результаты правления : Укрепилось самодержавие. Произошло полное закрепощение крестьян. Возникло Соборное Уложение, ставшее началом судейских преобразований в России. В результате правления расширилась граница Российского государства – была присоединена Украина, и началось освоение Сибири.