После смерти царя Федора Алексеевича встал вопрос, кому наследовать престол: старшему болезненному Ивану согласно обычаю или малолетнему Петру. Заручившись поддержкой патриарха Иоакима, Нарышкины и их сторонники 27 апреля (7 мая) 1682 года провозгласили русским государем Петра I — сына царя Алексея Михайловича и царицы Натальи Кирилловны, урожденной Нарышкиной. Вместе с этим возвышалась партия Нарышкиных, родственники и приверженцы матери Петра I Натальи Кирилловны. Партия Милославских, родственников первой жены царя Алексея Михайловича, во главе которой стала царевна Софья Алексеевна, воспользовалась происходившими тогда волнениями стрельцов, чтобы истребить главнейших представителей партии Нарышкиных и парализовать влияние на государственные дела Натальи Кирилловны. Результатом явилось провозглашение 23 мая 1682 года двух царей, Иоанна и Петра Алексеевичей, которые должны были править совместно, при чем Иоанн остался первым царем, а Петр — вторым.
29 мая, по настоянию стрельцов, за малолетством обоих царевичей, правительницей государства была провозглашена царевна Софья С этой поры и до 1687 года она сделалась фактически правительницей государства. Была сделана даже попытка провозгласить ее царицей, но она не нашла сочувствия среди стрельцов.
Первым делом Софьи было усмирить волнение, поднятое раскольниками, которые, под предводительством Никиты Пустосвята добивались восстановления «старого благочестия». По распоряжению Софьи, главные предводители раскольников были схвачены: Никита Пустосвят казнен. Против раскольников были приняты суровые меры: их преследовали, били кнутом, а наиболее упорных предавали сожжению. Вслед за раскольниками были усмирены стрельцы. Начальник стрелецкого приказа, князь Хованский, приобретший большую популярность среди стрельцов и обнаруживавший на каждом шагу свое высокомерие не только по отношению к боярам, но и к Софье, был схвачен и казнен. Стрельцы смирились. Начальником стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Шакловитый.
При Софье был заключен вечный мир с Польшей в 1686 году. Россия получила навсегда Киев, уступленный раньше по Андрусовскому миру (1667) только на два года, Смоленск; Польша окончательно отказалась от левобережной Малороссии. Тяжелые обстоятельства, нападения турок, принудили Польшу заключить такой, невыгодный для нее, мир. Россия обязалась за него помочь Польше в войне с Турцией, которую Польша вела в союзе с немецкой империей и Венецией. Вследствие принятого Россией на себя обязательства, любимец Софья, князь В. В. Голицын, два раза ходил в Крым.Эти так называемые Крымские походы (в 1687 и 1689 годах) не принесли большой выгоды, хотя и укрепили авторитет России в глазах союзников по Священной лиге. 21 июля 1687 года в Париж прибыло русское посольство, посланное Софьей к Людовику XIV с предложением присоединиться к Священной лиге против турецкого султана, — на тот момент французского союзника.
За крымский поход 1689 г., любимец Софьи Голицын был пожалован «выше всех заслуг» – золоченым кубком, кафтаном на соболях, вотчиной и денежным подарком в 300 рублей золотом. И все же неудача Крымских походов стала началом его падения, а вместе с ним и всего правительства Софьи. Дальновидный Шакловитый советовал регентше немедленно предпринять радикальные меры против Петра, но Софья на них не решилась.
Петр, которому 30 мая 1689 исполнилось 17 лет, отказался признать поход Голицына удачным. Он обвинил его в «нерадении» во время Крымских походов и осудил за подачу докладов одной Софье, минуя царей-соправителей. Этот факт стал началом открытого противостояния Петра и Софьи. 25 июня 1689 Петр демонстративно игнорировал празднование именин сестры.
С Китаем в правление Софьи был заключен Нерчинский договор (1689 года), по которому оба берега Амура, завоеванные и занятые казаками, были возвращены Китаю. Договор этот был заключен окольничим Федором Головиным и вызван постоянными столкновениями с китайцами, угрожавшими даже настоящей войной.
В это время враждебно настроенная против Софья Наталья Кирилловна говорила о незаконности правления Софьи. Шакловитый вздумал поднять стрельцов в защиту интересов Софьи, но они не послушались. Тогда он решился погубить Петра и его мать. Замысел этот не удался, так как Петру донесли о намерениях Шакловитого, и царь уехал из Преображенского, где он жил, в Троицко-Сергиевскую лавру. Софья уговаривала Петра возвратиться в Москву, но безуспешно посылала с этой целью бояр, наконец, патриарха. Петр не поехал в Москву, не возвратился и патриарх Иоаким, лично не расположенный к Софье и объявил Петра полноправным самодержцем.
27 августа из Троицы пришёл царский указ, подписанный Петром, с требованием всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение царя в сопровождении стрелецких выборных, по 10 человек от каждого полка, за неисполнение — смертная казнь. Софья, со своей стороны, запретила стрельцам покидать Москву, также под страхом смерти.
Видя неуспех своих просьб, Софья отправилась сама, но Петр не принял ее и требовал выдачи Шакловитого и известного Сильвестра Медведева и других ее сообщников. Софья не выдала их сразу, а обратилась за помощью к стрельцам, к народу, но никто ее не слушал; иноземцы, с Гордоном во главе, ушли к Петру.
В августе 1689 Голицын, ощущая приближение скорой развязки, спрятался в своем подмосковном имении и тем самым предал Софью. Она пыталась собрать силы стрелецкого войска, в то время как Петр вместе с Нарышкиными укрылся под защитой Троице-Сергиевой лавры. На его сторону перешел присланный Софьей патриарх Иоаким (который не простил ей допущения иезуитов в столицу), следом стрельцы выдали Петру Шакловитого (он вскоре был казнен). (16) сентября попытался покаяться и заявить о своей лояльности сводному брату Софьи и бывший ее «сердечный друг» Голицын, но не был принят Петром. На следующий день, 7 сентября 1689, правительство Софьи пало, ее имя исключили из царского титула, а сама она была направлена в Новодевичий монастырь в Москве – правда, без пострижения в монахини.
Любимца Софьи Голицына Петр сослал с семьей в Архангельский край, где тот и умер в 1714. Но и в его отсутствие царевна не собиралась сдаваться. Она искала сторонников и находила их. Однако попытки организовать реальное сопротивление Петру I проваливались: доносы и слежка за нею в монастыре исключали успех. В 1691 среди казненных сторонников Софьи оказался последний ученик С. Полоцкого – Сильвестр Медведев. В марте 1697 провалился еще один стрелецкий заговор в ее пользу – под предводительством Ивана Цыклера. В январе 1698, воспользовавшись отсутствием в столице Петра, уехавшего в Европу в составе Великого посольства, Софья (которой на тот момент исполнился 41 год) вновь попыталась вернуться на трон. Использовав недовольством стрельцов, жаловавшихся на обременительность Азовских походов Петра в 1695–1696, а также на условия службы в приграничных городах, она призвала их к неподчинению начальникам и пообещала освободить от всех тягот в случае возведения ее на престол.
Петр получил известие о заговоре, находясь в Западной Европе. Срочно вернувшись в Москву, он направил против стрельцов войско во главе с П.И.Гордоном, которое и разбило заговорщиков под Новоиерусалимским монастырем 18 июня 1698.
21 октября 1698 Софья была насильно пострижена в монахини под именем Сусанны. Умерла в заточении 3 июля 1704, приняв перед смертью схиму под именем Софии. Погребена в Смоленском соборе Новодевичьего монастыря.
Историческая характеристика
По общему мнению, Софья была человек большого ума. Суждения о ней историков не отличаются беспристрастием и в большинстве случаев далеко не сходны между собой. Петр I и его почитатели считают ее ретроградкой, хотя государственные способности сводной сестры Петра были отмечены уже в историографии 18 – начала 20 в. – Г.Ф.Миллером, Н.М.Карамзиным, Н.А.Полевым, Н.В.Устрялов и И.Е.Забелин видели в ней воплощение византийского идеала самодержицы, С.М.Соловьев считал ее «богатырь-царевной», освободившей внутренней свободой своей личности всех русских женщин от теремного затворничества, трагически не нашедшей поддержки в обществе. К такой оценке склонялись и другие историки (Н.А.Аристов, Е.Ф.Шмурло, часть советских ученых). Зарубежные исследователи считают ее «самой решительной и способной женщиной, когда-либо правившей в России» (С.В.О`Брайн, Б.Линкольн, Л.Хьюз и др.).