Франциск был очень долгожданным ребенком короля Франции Генриха II и его жены итальянки Екатерины Медичи. Он появился на свет 19 января 1544 года, через десять лет после того как поженились его родители. Екатерина чего только не делала, чтобы подарить мужу наследника, но все было бесполезно. Рождение Франциска восприняли как настоящее чудо, после его рождения Екатерина Медичи родила ещё девять детей. Король Франции подобрал своему наследнику, пожалуй самую завидную невесту того времени.
Мария Стюарт родилась 8 декабря 1542 года, и была на год с небольшим старше своего жениха. Родителями ей приходились король Шотландии Яков V и француженка Мария де Гиз. Таким образом, Мария Стюарт была наполовину француженкой, кроме того у неё были и английские корни позволяющие ей претендовать на корону Англии. В шесть лет девочка прибыла во Францию, где был заключен брачный договор. Мария получила великолепное образование, знала несколько языков, грациозно танцевала. Она выросла в прелестную девушку, очень приятную в общении, и должна была стать отличной королевой для Франции и женой для Франциска.
24 апреля 1558 года Франциск и Мария Стюарт поженились. Они нравились друг другу. Но на фоне своей 15-летней жены олицетворявшей здоровье и красоту 14-летний болезненный Франциск выглядел ещё ребенком. С момента бракосочетания наследник Франции стал также и королем-консортом Шотландии. Молодые супруги конечно же никак не могли ожидать, что уже через год они станут королем и королевой Франции.
В июле 1559 года проходил праздничный рыцарский турнир по поводу замужества одной из дочерей короля. 40-летний Генрих хотел лично участвовать в турнире. В одном из поединков он получил серьезное ранение. Врачи оказались бессильны. 10 июля новым королем Франции объявили 16-летнего Франциска II. Молодой человек был абсолютно не готов к такой ответственности. Всё что его интересовало это охота и праздные забавы. Вся власть сосредоточилась в руках его матери Екатерины Медичи и родственников Марии Стюарт братьев де Гиз.
Такое отношение к правлению страной принесло свои плоды. Де Гизы оказались ревностными католиками и начали притеснять протестантов. Те решили похитить молодого короля Франциска и заставить его отстранить братьев де Гиз от власти. План не удался, но шуму наделал. На фоне этих событий и без того слабый Франциск совсем занемог. Оказалось, что у короля образовался свищ в ухе. Несмотря на все старания самых лучших французских врачей 5 декабря 1560 года король Франциск II ушел из жизни. Его молодой вдове Марии Стюрт пришлось покинуть Францию и вернуться в родную Шотландию. Новым королем стал Карл IX, которому было в то время всего десять лет, и при котором фактически правила его мать Екатерина Медичи.