Люди заселили остров Сахалин очень давно. Археологи находили там стоянки пещерных людей трёхтысячелетней давности. Долгое время на остров с суровым климатом мало кто обращал внимание. Там жили народы, которые в основном занимались рыбалкой и охотой на морских зверей: айны на юге и нивхи на севере. Позже на Сахалин перебрались с материка эвенки и ороки, которые занялись массовым разведением на острове оленей.
Первая официальная экспедиция была направлена японским правительством в 1635 году. Тогда и была нанесена на карты южная часть острова, который японцы называли Карафуто, искажая длинное айнское наименование Камуй-кара-путо-я-мосир.
В 1640 году о существовании каких-то земель к востоку от Сибири узнал русский первопроходец Василий Поярков. Он услышал от таёжных жителей рассказы об острове за дельтой Амура. Русские жители Приамурья стали называть остров Сахалин, хотя маньчжурское выражение Сахалян-Улла означало всего лишь «Скалы чёрной реки».
В 1650-х на севере Сахалина высадились первые русские. В то же время южную часть острова начали обследовать японцы. Долгое время представители двух держав не подозревали о своём соседстве на острове — никто даже не задавался вопросом, остров Сахалин или полуостров. Жители российского Дальнего Востока и японского северного острова Хоккайдо иногда приплывали на Сахалин поторговать с местными народами. Окончательно всё прояснилось лишь в 1849 году.
В 1790 году японцы основали торговую факторию Сирануси, а в 1853-м возникло первое русское постоянное поселение — Муравьёвский Пост. И если на бытовом уровне русские и японские поселенцы вполне между собой уживались, то на государственном всё было намного сложнее.
В 1855 году был заключён Симодский трактат, подписанный адмиралом Евфимием Путятиным и высокопоставленным чиновником Тосиакирой Кавадзи. В числе прочего, этот договор, ставший первым дипломатическим соглашением между Россией и Японией, обозначал Сахалин как совместное нераздельное владение двух держав. Такой странный юридический статус означал, что и русские, и японские подданные могут свободно селиться на острове, а любые споры должны решаться местными же властями. Попытки провести какую бы то ни было границу оказывались неудачными, так как русские и японские поселения в центральной части Сахалина находились слишком близко друг к другу.
Проблема была решена в 1875 году, когда был подписан Санкт-Петербургский договор. По нему Сахалин переходил в подчинение России, а японцы выселялись на Хоккайдо. За это Россия отдавала Японии все острова Курильской гряды. В том же году на Сахалин стали ссылать заключённых для добычи угля. Причём тамошняя каторга предназначалась для самых опасных преступников, альтернативой для которых была смертная казнь.
Почти тридцать лет русские спокойно осваивали остров, заселяя его и ведя активную миссионерскую деятельность среди коренных народов. Далеко не все стремились перейти в православие, но и новообращённых хватало. Местные жители предпочитали русское правление японскому, потому что с русскими властями было проще договориться.
Как и сибирские коренные народы, жители Сахалина сдавали ясак пушниной, а в остальном могли заниматься чем угодно (в рамках закона, конечно же). До айнов доходили слухи о том, что их соплеменников на Курилах насильно японизируют, запрещая им традиционные обряды под страхом смерти. На этом фоне сборщики ясака, которые порой требовали больше оговоренного, выглядели меньшим злом.
Всё изменилось после окончания Русско-японской войны. По Портсмутскому мирному договору часть Сахалина южнее 50-й параллели перешла во владение победившей Японии. Самураи претендовали на весь остров, но усилиями графа Сергея Витте, главы русской делегации, удалось добиться того, что лишь половина острова отошла другому государству. Несмотря на то, что это была дипломатическая победа, на родине Витте насмешливо прозвали «графом полусахалинским».
После переселения русских сахалинцев на север или материк южная часть острова стала японской провинцией Карафуто. Всех коренных жителей согнали в резервации, за пределы которых без специальных документов выходить было запрещено. У местных народов изымали рыболовные снасти, чтобы поставить людей в зависимость от японских поставок продовольствия. Попали под запрет многие культурные традиции малых народов, потому что правительство Японии старалось сделать из сахалинцев новых японцев.
Половины острова японцам казалось мало. Повод к экспансии им дала Октябрьская революция. 21 апреля 1920 года у города Александровск-Сахалинский высадился японский десант, который оккупировал северную часть острова. Первым делом новые власти заявили о торжестве японского закона. Улицы переименовали, ввели обязательное для всех празднование дня рождения японского императора. Такие порядки длились пять лет.
20 января 1925 года Япония и СССР подписали Пекинский договор, по которому Страна восходящего солнца обязалась до 15 мая освободить оккупированный север Сахалина. Несмотря на уловки японского командования, которое правдами и неправдами старалось закрепить за собой эти земли, советским дипломатам удалось настоять на соблюдении договора. При этом японские концессии продолжали добывать нефть на советской части острова до 1944 года. Договор о добыче японцами полезных ископаемых должен был действовать аж до 1975 года, и за его досрочное расторжение Москва выплатила Токио компенсацию в 5 млн рублей.
В 1945 году после победы над Германией СССР занялся делами на Дальнем Востоке. После разгрома японских войск 25 августа Сахалин полностью стал советским. 2 февраля 1946 года была учреждена Южно-Сахалинская область. Всё японское было быстро ликвидировано. Закрыли все публичные дома, а работниц оттуда отправили трудиться на консервный завод. Запретили обязательные поклоны при встрече (объявили, что достаточно рукопожатий) и создали специальный пионерский лагерь для японских детей.
Весной 1947 года началось массовое выселение японских граждан на родину. К августу Сахалин покинули более 124 тыс. человек, в том числе большинство представителей коренных народов Южного Сахалина, которые с 1933 года считались подданными императора.
К концу 1940-х на острове остались около сотни айнов. Советская власть такую национальность не признавала и запрещала указывать её в паспортах. Последний из сахалинских айнов покончил с собой в 1960-х. К тому времени уже никто не оспаривал, что огромный дальневосточный остров принадлежит СССР.