Сын шотландского садовника Джон Пол отправился в море в 13-летнем возрасте. Он служил юнгой на «Дружбе», затем плавал на торговых судах и транспортах для перевозки рабов. Джон Пол быстро учился и всего через шесть лет стал первым помощником капитана.
Но в 1768 году он, уже опытный моряк, решил бросить хорошо оплачиваемую должность и вернуться на родину в Шотландию, так как ему надоела жестокость и порядки на работорговых судах. После отплытия из Ямайки брига «Джон» его капитан и старший помощник заболели и скоропостижно скончались от тропической лихорадки. Как самый опытный человек на борту, пассажир Джон Пол взял на себя руководство и привел судно в порт назначения в целости, сохранив груз.
Судовладелец дал Джону Полу командование и большую зарплату, чем привлек к продолжению морской карьеры. Джон Пол продолжал водить суда, пока не умер его старший брат-колонист, оставивший в Вирджинии поместье. Так как имя капитана было слишком простым, не подобающим его статусу, моряк стал называть себя Джон Пол Джонс (John Paul Jones).
В 1775 году началась война за независимость США, и Джон Пол Джонс предложил свои услуги сформированному Континентальному флоту. Он занялся каперством и захватил 16 британских торговых судов у побережья Америки. Затем его отправили в Европу, где Джон Пол Джонс заработал репутацию пирата (для британцев) и героя (для американцев). Моряки под его руководством грабили, топили, убивали британцев. Король Георг III был в бешенстве и обещал повесить шотландца дважды: за шею, чтобы убить, и за ноги – для позора.
«Первый капитан флота США» выиграл несколько морских битв, в одной из которых одержал победу над британским линейным кораблем «Серапис». Бой у мыса Фламборо-Хед 23 сентября 1779 года прозвали боевым крещением флота США, а Джона Пола Джонса – «отцом американского флота».
После дипломатических соглашений «Серапис» подарили союзникам французам, а капитан даже получил аудиенцию у короля Людовика XVI в Париже. Джон Пол Джонс десять лет провел во Франции, выполняя дипломатические задания и ожидая новый корабль в свое командование.
В конце концов, разочаровавшись, герой Америки принял предложение от Екатерины Великой приехать в Россию. 25 апреля 1788 г. капитан Джон Пол Джонс явился на встречу к императрице в Загородный дворец. Всего через полтора часа он стал контр-адмиралом Императорского российского флота Павлом Джонесом.
Следующий год он провел на Черном и Азовском морях, где руководил флотом, участвовал сражениях и успешно громил турок. За заслуги и победу под Очаковым императрица наградила американца орденом Святой Анны.
Но за короткое время пребывания в России Джон Пол Джонс успел поссориться с влиятельными морскими офицерами и даже с князем Григорием Потемкиным. Кем-то из них, а, возможно, британской разведкой, была подстроена криминальная авантюра. Джон Пол Джонса даже арестовали якобы за изнасилование 12-летней Катерины Гольцварт, на поверку оказавшейся проституткой.
Хоть его и оправдали, Джон Пол Джонс навсегда покинул Россию, отправился в Варшаву, а затем в Париж. Там он и умер в возрасте 45 лет от болезни почек. Его тело в русском морском мундире нашла служанка, пришедшая убрать в номере. Только в 1905 году его останки с почестями были отправлены в США, в Военно-морскую академию в Аннаполисе.